ในสมัยเอโดะ ฮาจิโจจิมะเป็นที่รู้จักในฐานะสถานที่เนรเทศของนักโทษ การปฏิบัตินี้สิ้นสุดลงในสมัยเมจิ และชาวเกาะได้พัฒนาเศรษฐกิจจากการตกปลา เลี้ยงไหม และเกษตรกรรม กิ่งจังหวัดฮาจิโจถูกจัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 1 เมษายน ค.ศ. 1908 ซึ่งรวมถึงหมู่บ้านมิทสึเนะ นากาโนะโกะ คาชิทาเตะ ซุเอโยชิ และโอคะโงะ หมู่บ้านโทรุจิและอุสึกิบนฮาจิโจโคจิมะถูกจัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 3 พฤษภาคม ค.ศ. 1947 หมู่บ้านทั้งห้าแห่งของฮาจิโจจิมะได้รวมเข้าด้วยกันเมื่อวันที่ 1 ตุลาคม ค.ศ. 1954 เพื่อก่อตั้งหมู่บ้านฮาจิโจ เมื่อวันที่ 1 เมษายน ค.ศ. 1955 หมู่บ้านทั้งสองแห่งของฮาจิโจโคจิมะได้รวมเข้ากับหมู่บ้านฮาจิโจ ซึ่งทำให้หมู่บ้านได้รับการเลื่อนตำแหน่งเป็นเมือง อย่างไรก็ตาม ในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1966 ชาวฮาจิโจโคจิมะได้โหวตให้ละทิ้งเกาะของตนโดยอ้างว่าบริการสาธารณะขั้นพื้นฐานไม่สามารถเข้าถึงได้และปัญหาทางเศรษฐกิจ และเกาะฮาจิโจโคจิมะกลายเป็นเกาะร้างตั้งแต่เดือนมิถุนายน ค.ศ. 1969